1888 год. Окончив обработку результатов четвёртого путешествия, Пржевальский готовился к пятому. И в том же году, он двинулся через Самарканд к русско-китайской границе, где во время охоты в долине реки Кара-Балта, выпив речной воды, заразился брюшным тифом. По дороге в Каракол Пржевальский почувстввал себя плохо, а по прибытии в Каракол он совсем слёг. Через несколько дней он, скончался. Выполняя последнюю волю покойного, место для его праха выбрали ровное, на восточном обрывистом берегу озера Иссык-Куль, между устьями рек Каракол и Карасуу, в 12 км от города Каракол. Солдаты и казаки копали могилу в твердом грунте в течение двух дней. В могилу было опущено два гроба – один внутренний - деревянный, а второй внешний - железный.

Могила великого путешественника и ученого Н.М.Пржевальского на берегу озера в 12 км. от города Каракол

Памятник Н.М. Пржевальскому на берегу озера Иссык-Куль

Памятник Н.М.Пржевальскому в Александровском саду Санкт-Петербурга

1866 год. Орден Святого Станислава 3-й степени

1868 год Большая золотая Константиновская медаль — высшая награда Императорского Русского географического общества

1874 год. Австрийский орден Леопольда, кавалерский крест

Малая серебряная медаль Русского географического общества за статью о народонаселении Приморья

Почетная грамота Международного географического конгресса в Париже

Золотая медаль Парижского географического общества

Медаль «Пальма Академии» французского Министерства народного просвещения

Большая золотая медаль имени Александра Гумбольдта Берлинского географического общества

1879 год. Королевская медаль Лондонского географического общества

1881 год. Орден Святого Владимира 3-й степени

Медаль Вега Стокгольмского географического общества

Большая золотая медаль Итальянского географического общества

Золотая именная медаль с надписью: «Первому исследователю природы Центральной Азии» Академии наук России.

1878 год. Почетный член Императорской Санкт-Петербургской Академии наук и Ботанического сада

1881 год. Почётный гражданин Смоленска

Почётный гражданин Санкт-Петербурга

Член-корреспондент Берлинского географического общества

Почетный член Санкт-Петербургского университета

Почетный член Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей

Почетный член Уральского общества любителей естествознания

Почетный член Русского географического общества

Почетный доктор зоологии Московского университета

Почетный член Венского географического общества

Почетный член Итальянского географического общества

Почетный член Дрезденского географического общества

Почетный член Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии.

- Памятник у могилы Н. М. Пржевальского в Пристань-Пржевальск, Киргизия

- На месте рождения Н. М. Пржевальского мемориальный знак, а на его могиле в Пристань-Пржевальске (около города Каракол) воздвигнут памятник по рисунку А. А. Бильдерлинга. Другой памятник, по его же проекту, поставлен Географическим обществом в Александровском саду в Санкт-Петербурге.

- В 1891 году в честь Н. М. Пржевальского Русское географическое общество учредило серебряную медаль и премию его имени.

- В его честь названы: город, горный хребет в Куньлуне, ледник на Алтае, несколько видов животных и растений.

- Пржевальскому установлены памятники: недалеко от озера Иссык-Куль (у его могилы) и в Петербурге

- В 1946 году учреждена золотая медаль имени Пржевальского.

- В 1947 году почтовое ведомство СССР выпустило памятную марку

- В советское время недалеко от могилы был организован музей, посвященный жизни и деятельности Н. М. Пржевальского.

- В 1999 году Банком России выпущена серия памятных монет, посвящённых Н. М. Пржевальскому и его экспедициям.

Монета Банка России — «Географическая серия», Русские исследователи Центральной Азии, Н.М. Пржевальский, 1-я Тибетская экспедиция

- город Каракол, в Киргизии, с 1889 по 1922 годы и с 1939 по 1992 годы носил имя Пржевальск

- поселок Пржевальское в Смоленской области, в котором находилось имение путешественника

- улицы Пржевальского в Москве, Минске, Иркутске, Смоленске и др. городах

- гимназия имени Н. М. Пржевальского, г. Смоленск

- в Приморском крае в честь Н. М. Пржевальского названа горная система — горы Пржевальского, пещера недалеко от города Находка и скальный массив в бассейне реки Партизанская.

- географические объекты: Хребет Пржевальского, открытый им ледник на Алтае и др.

- ряд видов животных и растений, в том числе Лошадь Пржевальского

- в 1999 году Банком России выпущена серия памятных монет, посвящённых Н. М. Пржевальскому и его экспедициям.